¿Qué hay que hacer si duele una rodilla cuando se corre?

Lo primero que hay que hacer es acudir a un médico. Si es posible, que sea traumatólogo.

Dicho ésto recomendaría que, hasta que no se tenga un diagnóstico exacto de lo que sucede, no hay que forzar la rodilla. Si con un trote suave no duele, se puede intentar. También se puede cambiar de deporte, probando algo menos agresivo para las rodillas que la carrera, como la bicicleta estática con poca carga (no recomiendo el spinning) o la natación a crawl o espalda (no a braza ni mariposa).

En cualquiera de los casos y elija la disciplina deportiva que elija, disminuye la duración del ejercicio en cada sesión; unos 20 minutos sería adecuado, siempre que no duela.

Es muy importante prestar atención al dolor, porque te está indicando que algo sucede. Hasta que no sepas qué es, se prudente.